Im Zentrum von „Star Trek: Lower Decks“ stehen jene Crewmitglieder, welche die unauffälligsten Jobs auf den unwichtigsten Schiffen der Sternenflotte haben. – Die Handlung beginnt im Jahr 2380, ein Jahr nach den Ereignissen aus dem Kinofilm „Star Trek: Nemesis“. Haupteinsatzgebiet der Protagonisten ist an Bord der „USS Cerritos“, einem Raumschiff der Sternenflotte, dem meist nur Routineaufgaben zugeteilt werden.