Zwei Jahre nach dem Kampf gegen Eosmon treffen Daisuke Motomiya, Ken Ichijouji, Miyako Inoue, Iori Hida, Takeru Takaishi und Hikari Yagami auf einen Jungen namens Rui Owada, der mit einem entschärften Digivice gefunden wird und behauptet, das erste auserwählte Kind überhaupt zu sein. Außerdem taucht ein Digimon namens Ukkomon in der realen Welt auf, das möchte, dass jeder Mensch auf der Welt seinen eigenen Digimon-Partner hat.