2029, Japan in naher Zukunft. Cyborg Motoko Kusanagi und ihr Team werden von Daisuke Aramaki als „Sektion 9 der Staatssicherheit", auch bekannt als „Shell-Einheit", rekrutiert, um Bedrohungen präventiv zu bekämpfen. Eine internationale Verschwörung deutet auf den Hacker „Puppenspieler" hin. Welches Schicksal erwartet Kusanagi? Was hat der Hacker vor? Eine neue Cyberpunk-Ära beginnt!