Jojo Rabbit handelt von einem kleinen Jungen, der während des Zweiten Weltkriegs lebt. Seine einzige Flucht erfolgt durch seinen imaginären Freund, eine ethnisch ungenaue Version von Adolf Hitler, der die naiven patriotischen Überzeugungen des kleinen Jungen vorantreibt. Das ändert sich jedoch alles, wenn ein junges Mädchen diese Ansichten hinterfragt und Jojo dazu bringt, sich seinen eigenen Problemen zu stellen.